До организации заповедника его территория была достаточно хорошо изучена в геологическом, почвенном и ботаническом отношениях специально организованной Волжско-Камской экспедицией АН СССР, работавшей в 1933-1937 гг. Исследованиями был охвачен весь район будущего водохранилища, в том числе более половины современной территории заповедника. Большинство материалов было опубликовано в разные годы (Роде, 1937; Афанасьева, 1940; Леонтьев, 1949; Корчагин и Сенянинова-Корчагина, 1957 и многие другие работы). Неопубликованные данные, в основном ботанические, хранящиеся в архивах БИН РАН, частично были использованы ботаниками заповедника.

Гораздо хуже обстояло дело с зоологическими сведениями. Фаунистические сводки и материалы по биологии животных весьма скудны и относятся лишь к смежным районам (Арсеньев, 1857, 1866; Сабанеев, 1868; Щеголев, 1925; Шестаков, 1936; Кузнецов, 1947, 1949). Не было ни одного специального исследования животного мира Молого-Шекснинской низины. Наиболее полно фауна млекопитающих и птиц и экология водоплавающих птиц междуречья до образования водохранилища описаны в статьях Ю.А. Исакова (1949, 1953) и Ю.А. Исакова и М.П. Распопова, обследовавших эту территорию в 1940 г.

Сведения о рыбах Волги на участке, занятом сейчас водохранилищем, приведены в работе А.А. Кулемина (1944). В первый год после заполнения водохранилища его ихтиофауну исследовали В.В. Васнецов, а затем Л.И. Васильев (1950). Этими публикациями исчерпываются сведения о природе Молого-Шекснинского междуречья до образования заповедника.

Сразу же после организации заповедника началось комплектование штата научного отдела и организация научных исследований.

Первым директором заповедника был Илья Константинович Андреев — на редкость добросовестный и самоотверженный человек, сумевший в трудные послевоенные годы буквально на пустом месте наладить охрану территории, строительство жилых и лабораторных помещений, обеспечить самые необходимые бытовые условия для сотрудников и возможность работы. Заместителем директора по научной части, инициатором и организатором научных исследований был Юрий Андреевич Исаков, который создал первый научный коллектив, возглавлял и направлял научную деятельность заповедника более 7 лет. Его сменил на этом посту А.М. Леонтьев, проработавший бессменно до 1970 г., посвятивший заповеднику почти всю свою жизнь. Подолгу и плодотворно работали директора заповедника А.П. Маринович и В.В. Криницкий.

Первыми научными сотрудниками, которые начинали работу в заповеднике в 1946 г., были И.М. Олигер, В.Ф. Фенюк, Е.Н. Преображенская, Л.И. Самсонова. Полностью штат научного отдела был укомплектован в 1947 г. Тогда же были развернуты комплексные работы по сбору и обработке материалов о прежнем состоянии природы заповедника и созданию обширной сети стационаров для длительных наблюдений за изменениями природы под влиянием водохранилища.

Особенное внимание, учитывая главное направление работы заповедника, уделялось «Летописи природы», ведение которой было начато в 1946 г. и продолжается без перерыва вот уже более 50 лет.

В первые годы сотрудникам заповедника пришлось жить и работать в нелегких условиях. Однако энтузиазм, большой интерес к работе, привлечение студентов и аспирантов различных вузов помогали преодолевать трудности и успешно выполнять обширную программу научных исследований. Из первых научных сотрудников длительно и плодотворно работали в заповеднике гидрохимик Н.И. Аничкова, ихтиолог Е.С. Задульская, почвовед А.А. Успенская, ботаники А.М. Леонтьев и Т.Н. Кутова, лесовед К.А. Кудинов, орнитологи В.М. и Н.Н. Поливановы, паразитолог А.А. Шигин, зав. метеостанцией А.Ф. Горбунов, ботаник-фенолог С.Ф. Немцева, орнитолог В.В. Немцев, териолог М.Л. Калецкая, лесовод В.С. Писанов. С 1949 по 1970 г. работал в должности главного лесничего Л.Н. Куражковский.

Научные исследования в заповеднике ведутся по трем основным направлениям: изучение изменений природы под влиянием водохранилища, инвентаризация флоры и фауны и экспериментальные работы.

Выявление закономерностей трансформации природных экосистем и прогнозирование направления этих изменений оказались чрезвычайно сложными. Наиболее рациональным путем решения этой проблемы была организация регулярных многочисленных стационарных наблюдений за динамикой структуры экосистем в прибрежной зоне. С этой целью на территории заповедника уже в первые годы была заложена большая серия постоянных маршрутов, пробных площадей, профилей, ключевых участков, учетных линий, станций. Была создана собственная гидрометеостанция, позволившая получать все основные данные для характеристики метеорологических условий и особенностей гидрологического режима водохранилища. На постоянных профилях были организованы наблюдения за размыванием крутых берегов и формированием береговой отмели. Гидрологический режим изучали путем регулярных замеров уровня почвенно-грунтовых вод.

На постоянных станциях водохранилища были начаты круглогодичные гидрохимические, гидробиологические и ихтиологические исследования. На временно затопляемых и подтопляемых территориях, на прибрежных суходольных лугах проводились почвенные исследования, наблюдения за растительностью и картографирование растительных сообществ. Во всех типах леса были заложены постоянные пробные лесные площади для длительных наблюдений за динамикой лесных биоценозов в зоне влияния водохранилища и за пределами его воздействия. Были заложены также постоянные фенологические маршруты, площади для учетов урожайности ягодников, маршруты и пробные площади для учетов численности животных.

Анализ материалов, полученных на стационарах, позволил уловить ход изменения природных комплексов, определить этапы формирования водохранилища и его прибрежных ценозов и разработать действенные практические мероприятия и рекомендации.

Инвентаризационные работы были необходимы для ознакомления с флорой и фауной и послужили основой для организации стационаров. Сейчас, 40 лет спустя, проводится повторная инвентаризация фауны наземных позвоночных для выявления изменений, которые произошли в видовом составе, размещении, численности и экологии животных на территории, подверженной воздействию водохранилища. До сих пор остается практически неизученной фауна наземных членистоногих. Только в последние годы В.А. Алексеевым начато обобщение фрагментарных сборов отдельных групп и проводится регулярный сбор насекомых для составления инвентаризационных списков. Начаты также работы по инвентаризации фауны водных беспозвоночных и рыб внутренних озер заповедника, а также разработка методики биоиндикации загрязнения поверхностных вод.

Экспериментальные работы либо завершали исследования на стационарах, либо были самостоятельными темами. К ним можно отнести опыты по выращиванию дуба в районе заповедника, по реконструкции сосновых молодняков, поврежденных лосем, организацию и ведение гоголиного хозяйства и наиболее значительную из этой серии работ — разработку методов содержания и разведения глухарей в неволе и создание глухариного питомника.

Многие научные материалы еще нуждаются во всестороннем анализе для выявления сложных закономерностей формирования экосистем нового типа на берегах искусственных водоемов. Но уже можно сделать некоторые выводы и дать практические рекомендации.

Так, с образованием крупного искусственного водоема уровень грунтовых вод в прибрежной полосе поднялся в среднем на 1,5 м. Влияние сезонных колебаний водохранилища на уровень грунтовых вод проявляется в зоне шириной около 250 м, т. е. значительно более узкой, чем предполагалось. Прибрежные леса не так быстро заболачиваются, как это предсказывалось. Центральная часть заповедника не испытывает влияния водохранилища и сохраняет типичные черты южной тайги.

Результаты многолетнего изучения прибрежных лесов, включавшего гидрологические и почвенные исследования, позволили определить степень воздействия водохранилища на развитие древостоев, дать рекомендации по контролю за санитарным состоянием лесов прибрежной зоны и по составлению проекта лесохозяйственных мероприятий на побережьях Рыбинского водохранилища, а также разработать прогноз подтопления реконструированного Волго-Балтийского пути.

В зоне временного затопления гидрологический фактор влияет на биологию отдельных видов и на растительные ценозы в целом. Колебания уровня водохранилища способствуют развитию земноводных растений и затрудняют существование водных растений, обилие которых постепенно сокращается. Выяснено, что колебания уровня водохранилища — чрезвычайно важный фактор, определяющий видовой состав, размещение и численность животных на его побережьях. Это дало возможность разработать рекомендации по ведению охотничьего хозяйства на водохранилищах лесной зоны. Например, методика привлечения в искусственные гнездовья гоголя, принятая всеми охотничьими хозяйствами на Рыбинском море, позволила в короткий срок восстановить численность этой утки, почти исчезнувшей на водохранилище.

Многие мелководные заливы в заповеднике служат естественными нерестилищами и местами нагула молоди основных промысловых рыб и обеспечивают воспроизводство рыбного стада водохранилища. Научными исследованиями был обоснован постоянный запрет на промысловый лов рыбы в пределах заповедника, который был введен с 1960 г. Необходимо поддерживать такой гидрологический режим водохранилища, который обеспечивал бы оптимальные условия для всего комплекса обитателей зоны временного затопления в целях сохранения и рационального использования природных богатств Рыбинского водохранилища и его побережий. Этот режим предусматривает ранний, быстрый и высокий подъем уровня до максимальной отметки и медленное снижение его к осени.

В экспериментальном глухарином питомнике, организованном в 1963 г., были разработаны основы вольерного содержания этих птиц, сформировано маточное стадо, которое успешно размножается в неволе, разработаны система сооружений для взрослых птиц и молодняка, брудеры для выращивания молодых глухарей, кормовые рационы, санитарно-профилактические мероприятия. Разрабатываются методы повышения плодовитости глухарей, проводится опытный выпуск выращенных в питомнике глухарей на волю и изучение их поведения (Немцев, Криницкий, Семенова, 1973).

Необходимость разведения глухарей в неволе диктуется тем, что в природе вследствие интенсивной эксплуатации лесов, окультуривания земель и мелиорации остается все меньше и меньше мест, пригодных для обитания глухаря, а растущая рекреационная нагрузка на наши леса мешает этой древней дикой птице спокойно кормиться и выращивать молодняк. Чтобы сохранить глухарей, еще не занесенных в Красную книгу, но уже стоящих на пути к ней, необходимо выращивать их в неволе, а затем выпускать в тех местах, где они исчезли или стали малочисленными.

Результаты научных исследований публикуются в периодических научных изданиях, а также в «Трудах Дарвинского заповедника».

Научные фонды заповедника составляют: гербарий (более 2 тыс. листов), небольшая краниологическая коллекция, научная картотека, которая ведется с 1948 г. и содержит выписки из дневников научных сотрудников и лесников, фототека из 2,5 тыс. негативов, научная библиотека, насчитывающая около 7 тыс. книг и 20 наименований периодических научных изданий, дендрологическая коллекция на центральной усадьбе и оформленные в натуре стационары на всей территории заповедника.

С первых дней существования заповедник поддерживает тесную связь со многими научно-исследовательскими учреждениями и вузами страны. По договорам о научном содружестве проводились и проводятся совместные исследования с такими институтами и лабораториями, как Почвенный институт им. В.В. Докучаева РАН, ВИЛАР, ВНИИ охраны природы и заповедного дела, ЦНИЛ Главохоты РФ, вузами — МГУ, ЛГУ, МГПУ, Воронежский лесотехнический институт, ЯрГУ и многие другие.

В заповеднике ежегодно проходят практику и работают над дипломами и кандидатскими диссертациями студенты и аспиранты биологических и географических факультетов различных вузов и техникумов, проводят полевые наблюдения организованные группы юннатов. На центральной усадьбе заповедника бывает в год более тысячи экскурсантов, они знакомятся с музеем природы, питомником глухарей и дендрологической коллекцией.

Музей природы состоит из двух залов общей площадью 190 м2. Диорамы, биогруппы, систематические коллекции и почвенные монолиты представляют основные ландшафты, почвы, растительность и животное население заповедника. Фотографии иллюстрируют историю заповедника, типичные участки, растения и животных.

Кроме экскурсий и бесед с посетителями заповедника сотрудники научного и лесного отделов ведут постоянную культурно-просветительную работу природоохранного направления среди населения, выступая с лекциями и докладами, публикациями в местной печати. Экспозиции, посвященные заповеднику, имеются в Вологодском, Ярославском и Рыбинском краеведческих музеях.

Охрану территории заповедника выполняют работники лесного отдела. Заповедник разделен на 4 лесничества с 9 техническими участками и 32 обходами, которые обслуживают 28 лесников.

Усилиями охраны до минимума сокращена браконьерская охота и самовольные порубки леса. Основные нарушители заповедного режима весной, в период нереста, — рыбаки, вооруженные запрещенными орудиями лова — сетями и острогами, а осенью — сборщики клюквы. Браконьерству способствует еще и то обстоятельство, что в территорию заповедника вкраплены небольшие участки совхозных земель, которые периодически посещаются рабочими и служащими совхоза, а контролировать эти передвижения чрезвычайно трудно. Работникам лесной охраны приходится затрачивать много усилий на борьбу с браконьерами.

Большое внимание уделяется охране лесов от пожаров, их санитарному состоянию, лесозащитным и лесохозяйственным мероприятиям, строительству кордонов, поддержанию телефонной связи внутри заповедника. Лесной отдел оснащен современными транспортными средствами (мотолодки, снегоходы, мотоциклы), для авиационной охраны лесов от пожаров и авиапатрулирования в борьбе с браконьерством арендуются самолеты и вертолеты.

Лесники и инженерно-технические работники лесного отдела принимают активное участие в научных исследованиях: ведут постоянные фенологические наблюдения, участвуют в учетах животных, содержат в порядке многочисленные научные стационары, оказывают помощь научным сотрудникам при полевых работах.

© Калецкая М.Л., Немцова С.Ф., Скокова Н.Н. Дарвинский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 152-184.